Управление данными или своя электронная библиотека

Аватар пользователя zio


Вы храните литературу в своем компьютере? Легко ли ее найти в нужный момент? А вставить цитату в список публикаций? А составить список ссылок из сотни источников?

Недавно я обнаружил, что даже продвинутые компьютерные пользователи не умеют рационально организовать материалы в своем архиве, поэтому и решил написать данную заметку. Сегодня речь пойдет о библиографических базах данных.

Этот материал будет полезен всем, кто хочет поддерживать порядок и легко находить в нужный момент книги, статьи и прочие материалы (в том числе фильмы и аудиозаписи). Но особенно полезно использование библиографических баз будет студентам и научным работникам, которым приходится часто оформлять различные списки ссылок на публикации.

Итак, проблема заключается в том, что папочная структура хранения данных не позволяет создать идеальную таксономию и распределить все материалы для легкого последующего поиска. И, даже когда материал найден, извлекать из него «метаданные» (автора, год издания и пр. ) чаще всего приходится вручную.

С решением этих проблем уже достаточно давно успешно справляются библиографические базы данных — программы, хранящие в себе как подробную информцию о публикации, так и, при необходимости, ссылку на файл. Чтобы было понятнее, не будем вдаваться в теорию об идеальной системе хранения, а рассмотрим конкретные примеры реализаций.

Главное, что должны «уметь» такие программы:

  • отделение данных от представления (описаний от форматирования);
  • хранение данных и удобный их поиск;
  • облегчение доступа к самим описанным материалам;
  • облегчение составления форматированного списка ссылок.

EndNote

Когда я впервые столкнулся с проблемой управления библиографическими записями, выбор пал на проприетарную программу EndNote.
Пробная версия легко устанавивается и осваивается. Эта программа позволяет хранить в своей внутренней базе данных библиографические описания всех возможных типов материалов, а также иллюстрации к ним и ссылки, непосредственно, на файлы публикаций (если такие есть).

Хранимая в EndNote инфрмация может быть легко извлечена и отформатирована одним из множества входящих в комплект стилей или своим собственным (например для ВАКа). Так снимается одна из основных проблем списков литературы — расстановка нужных знаков и сокращений в ссылках.
Например, одни и те же данные могут выглядеть:

Стиль Отображение в списке ссылок
Anthropos Gray, Henry
1910 Anatomy, descriptive and applied.Philadelphia: Lea & Febiger. [18 th ed. ]
APA 5 th Gray, H. (1910). Anatomy, descriptive and applied (18 th ed. ).Philadelphia: Lea & Febiger.
MLA Gray, Henry. Anatomy, Descriptive and Applied. 18 th ed.Philadelphia: Lea & Febiger, 1910.
New England J Medicine 1. Gray H. Anatomy, descriptive and applied. 18 th ed.Philadelphia: Lea & Febiger; 1910.

Расширение «cite while you write» для иногда используемого «Microsoft Word» позволяет использовать базу данных EndNote для вставки ссылок прямо во время написания публикаций, что снимает еще одну проблему — нумерацию ссылок.

Естественными «бонусами» к основной функциональности являются возможности поиска в интернет-базах (библиотеках, PubMed и др. ) и экспорт/импорт описаний.

EndNote меня устраивал до тех пор, пока не возникла необходимость переноса библиотеки между системами — кроме того, что сама программа платная, версия под Линукс также отсутствует.

Jabref

На данный момент для меня оптимальным решением является использование BibTeX в связке с графическим интерфесом Jabref.
BibTeX — по сути является программой для вывода списков ссылок в LaTeX, которая использует для хранния информации текстовой файл (чаще всего с расширением. bib). Формат этого файла позволяет сохранять описание большинства возможных с необходимым набором полей и может быть расширен пользователем под свои конкретные цели. Естественно, его можно править в любом текстовом редакторе на любой платформе. Это и долгая история его развития (с 1985 года) обеспечили формату большую популярность, вследствие чего большинство программ для работы с библиографией могут его импортировать/экспортировать, а многие он-лайн библиотеки в предоставляют описание материалов именно в нем.
Текстовой процессор OpenOffice также может работать с базами BibTeX и вставлять из них ссылки в материалы.

Для удобства работы с bib-файлами можно использовать и специальные программы-редакторы. Одним из наиболее удобных является JabRef.

Он умеет все, что должны делать менеджеры библиографий и дополнительно обладает рядом преимуществ:

  • бесплатный (лицензия GPL);
  • кроссплатформенный и переносимый (единственный jar-файл не требует установки);
  • непосредственный поиск по интернет-базам данных;
  • открытие внешних ресурсов (URL, DOI, PDF, PS и другие) в одно нажатие;
  • возможность экспорта в множество форматов: HTML, Docbook, BibTeXML, MODS, RTF, Refer/Endnote и OpenOffice.org;
  • расширяемость и настраиваемость.

Редактор очень легок в освоении: )
Итак, если вы хотите поддерживать порядок в своих данных и получать удовольствие от составления списка литературы — попробуйте одну из множества существующих программ. Они сэкономят вам много времени и «нервов».

Комментарии

Просмотрел список и только благодаря названию привлёк к себе внимание "Менделей".
Комбинированные структурно-словесные програмки Вам не встречались? Они же под Линукс???

Аватар пользователя zio

с «Менделеем» подробно не знакомился: хоть и бесплатный, но проприетарный продукт и, похоже, они стремятся основную базу у себя на сервере хранить (популярное ныне веяние).
Насчет «структурно-текстового» не понял… Имеется в виду поиск по тексту и хим. структ. формуле? Если так — то вряд ли можно надеяться на существование таких открытых программ (а главное — баз к ним). Из закрытых же — SciFinder — дорогущий и всеобъемлющий.

Да, я имел ввиду именно поиск по структуре в базах данных химических соединений. В линуксе, например, имеется "Chemistry editor", но он не работает с базами данных. Да и просто как редактор химических структур не лишен некоторых недостатков!

Аватар пользователя zio

да, я использую xdrawchem, тоже далекий от идеала, как и все остальные открытые «рисовалки» (ChemSketch есть под линукс, но только платный)

Аватар пользователя Sergoff

Да, Jabref - очень удобная тузла. +1 за неё.

Аватар пользователя Инна

Здравствуйте, уважаемый Химик!
Помогите, пожалуйста, разобраться с особенностями импорта в ЭндНоут. Я выполняю все просимые действия, и у меня ничего не получается (см. ), EndNote пишет: 0 references were imported into "news" group. Где моя ошибка? И я никак не могу понять, зачем нужен фильтр, когда я загружаю файл с личного компа?