визуализация
Вышла новая версия Avogadro 0.9.4
Сегодня вышла версия 0.9.4 Avogadro.
Эта программа представляет собой кросс-платформенный молекулярный редактор с широкими возможностями, созданный для удобного использования в квантовой химии, молекулярном моделировании, биоинформатике и смежных областях. Читать далее
Вышла новая сборка Chemcraft
10 октября вышла новая (294) сборка одного из лучших химических визуализаторов Chemcraft.
- (NEW)Реализована базовая поддержка формата Mopro (могут отображаться геометрии, декартовы шаги оптимизации, нормальные колебания, энергии, SCF итерации, малликеновские заряды и дипольные моменты);
- (NEW) Реализована базовая поддержка формата Dalton (геометрии, шаги оптимизации, нормальные колебания, силы, энергии, SCF итерации, дипольные моменты);
Gabedit - открытый визуализатор
После упоминания Кемкрафта (http://inchem.ru/content/khimicheskii-vizualizator-chemcraft) хотелось бы рассмотреть бесплатный open-source продукт для визуализации данных квантово-химических расчетов.
Сегодня рассмотрим Gabedit — графический интерфейс пользователя к таким программам как GAMESS (US) , GAUSSIAN, MOLCAS, MOLPRO ,MPQC, OpenMopac, и Q-Chem.
Эта программа написана с использованием библиотеки gtk, что обеспечивает ей замечательную кроссплатформенность, но привносит некоторые неудобства в интерфейс (с которыми можно смириться, учтя достоинства «смотрелки»).
Может же Габедит многое: Читать далее
Химический визуализатор ChemCraft
Так как все большее число химиков так или иначе сталкиваются с квантовохимическими расчетами, часто стоит задача визулизировать получаемые данные: как построить и отобразить саму молекулу, так и отобразить расчитанные параметры.
В последнее время моей любимой программой для визуализации и редактирования молекул является продукт российских разработчиков ChemCraft:
- понимает множество форматов химических данных, выводы большинства популярных расчетных программ (таких, в частности, как GAMESS и Gaussian);
- имеет прекрасный "дружественный" интерфейс, во многом превосходящий самые дорогостоящие продукты;
- большое количество отображаемых свойств, начиная от длин связей и до рендеринга молеклярных орбиталей и нормальных колебаний.
